Кафедра имеет более чем полувековую историю. Она была создана на заре становления факультета биологии и химии в начале 1960-х гг.
В конце 1950-х гг. в связи с активным развитием аграрного сектора советской экономики остро встал вопрос о необходимости увеличения количества учителей биологии и основ сельского хозяйства, дававших первоначальное природоведческое образование школьникам. Между тем факультет биологии в БАССР был только в БашГУ. В этих условиях руководство БирГПИ в лице директора института М.Б. Муртазина выступило инициатором создания факультета биологии и основ сельскохозяйственного производства.
Факультет был открыт в августе 1960 г. Структурное формирование кафедр биологического факультета началось в 1961 г. Первой на факультете приказом Минпроса РСФСР № 228 от 11 июля 1961 г. была открыта кафедра биологии. Кадры для кафедры и факультета дала Бирская опытная станция Башкирского НИИ сельского хозяйства. Именно оттуда перешли в БирГПИ кандидаты сельскохозяйственных наук Г.Х. Ахмадеев, Н.К. Левченко и К.И. Хамитов, которому в августе 1961 г. было доверено заведывание кафедрой биологии. В первоначальном составе кафедры биологии числились К.И. Хамитов, Н.К. Левченко, Г.Х. Ахмадеев, С.П. Гуськова, Н.Ф. Шерстобитова, Р.Ш. Саяпова и М.И. Червоткина.
С 1 октября 1962 г. вместо К.И. Хамитова кафедру возглавил кандидат биологических наук В.П. Макридин .
В 1966 г. на факультете была проведена реорганизация: на базе кафедр биологии и основ сельскохозяйственного производства создаются кафедры ботаники и зоологии. Заведующим кафедрой ботаники стал Е.В. Белоногов.
Белоногов Елеан Владимирович родился в д. Кутва Свердловской области. В 1944–1948 гг. обучался на агрономическом факультете Свердловского сельскохозяйственного института. В 1950 г. после непродолжительной работы в Сысертской областной школе сельского хозяйства, поступил в аспирантуру при Казанском зооветеринарном институте. В 1953 году защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата сельскохозяйственных наук на тему «Изучение способа улучшения лугов путем обработки почвы с сохранением прежней растительности». С 10 августа 1961 г. начал свою трудовую деятельность в БирГПИ на должности доцента кафедры биологии. В 1966–1974 гг. являлся заведующим кафедрой ботаники, а затем стал проректором по научной работе БирГПИ .
В числе первых преподавателей кафедры ботаники были также Белоногова Л.В., Саяпова Р.Ш., Сюзева Н.В., Хамитова А.Г., Каминский А.А., Каминская А.Ф., Васильев Л.А., Калинин И.Ф., Порватова Г.Т., Гайнцева Н.С., кандидат биологических наук Г.В. Артемьев.
Георгий Васильевич Артемьев приехал в Бирский пединститут в 1964 г. вместе со своей супругой Ириной Борисовной. Он преподавал ботанику, эволюционную теорию и вел спецкурс «История биологии». Его характеризовала широта кругозора, начитанность, глубокие знания фундаментальных биологических законов, что позволяло ему увлечь молодежь, заинтересовать, подтолкнуть к самостоятельным научным поискам.
С момента открытия кафедры вплоть до выхода на заслуженный отдых преподавали также декан факультета доцент Н.К. Левченко (физиология растений), Н.Г. Азимова (микробиология).
Кафедра ботаники обеспечивала проведение занятий по таким дисциплинам, как «Основы сельского хозяйства», «Микробиология», «Физиология растений», «Ботаника», «Экология растений», «Ландшафтоведение», «Теория и методика обучения биологии» и др.
1970-е годы в жизни факультета биологии и химии характеризуются отлаженной работой как в учебной, так и научной деятельности. Растет число преподавателей с учеными степенями, активно ведется работа со студентами, расширяется материальная база. Кафедрой ботаники в этот период заведовали Е.В. Белоногов (до 1974 г.), Ю.А. Мечиславский (1974–1975 гг.), А.Н. Шмелев (1975–1976 гг.). С 1976 г. кафедру возглавила доцент Д.Ю. Кириллова. Она пришла работать в БирГПИ в 1975 г., однако уже вскоре проявила себя как энергичная, требовательная к себе и к студентам, умеющая поддерживать интерес к предмету преподаватель.
В течение 1970-х годов на кафедре работали опытные педагоги кандидаты наук М.А. Шарый (основы сельского хозяйства), П.Д. Незнаев (методика преподавания биологии), доцент Ю.А. Мечиславский, старший преподаватель В.Я. Запольских. На этот же период приходится начало трудовой деятельности многих известных впоследствии преподавателей кафедры. С 1972 года на кафедре начал работать доцент А.Н. Шмелев. Доцент Р.Х. Шакирова пришла на кафедру в 1977 года после работы в Башкирском филиале Академии наук. Ее отличала солидная теоретическая подготовка, помогающая в доступной форме раскрывать студентам один из сложнейших предметов «Физиология растений». Основным направлением научных исследований доцен¬тов А.Н. Шмелева и доцента Р.Х. Шакировой являлась биология и агротехника культурных растений.
Кафедра ботаники с момента своего создания являлась одной из самых остепененных кафедр в БирГПИ. К 1973 году в ее составе работали 14 преподавателей, среди которых было много кандидатов наук, доцентов. В течение 1970-х гг. на кафедре доля преподавателей с учеными степенями кандидата наук не опускалась ниже 50%. Так, в 1972 г. этот показатель составлял 57%, 1973 – 64,3%, 1975 – 50%, 1976 – 54,5%, 1977 – 58, 3%, 1978 - 62,5%, 1979-1980 – 50%.
Развитие кафедры ботаники в 1980-1990-е гг. отличалось стабильностью состава преподавателей и дальнейшим повышением научно-исследовательского потенциала. К 1990 году на кафедре ботаники работали 9 преподавателей, в том числе 5 доцентов, кандидатов наук, 1 старший преподаватель и 3 ассистента. К 1993 г. численность членов кафедры составляла 10 человек, в том числе 6 кандидатов наук.
В этот период заведывание кафедрой осуществляли доценты Д.Ю. Кириллова (1976-1987 гг.) и Г.И. Мещеряков (1987-1993 гг.).
Доцент Г.И. Мещеряков начал преподавательскую деятельность в БирГПИ с 1979 года. Он читал лекции и проводил лабораторные занятия по предмету «Ботаника», являлся профессионалом, любящим и знающим мир растений, активно занимающимся наукой. Признанием его значительного вклада в теоретическую науку и преподавательскую деятельность является дважды присужденная ему Премия Сороса.
С 1993 года заведование кафедрой ботаники осуществлял кандидат сельскохозяйственных наук, доцент В.П. Трапезников (избран по конкурсу 12 июля 1993 г., переизбран 1 июля 1998 г.) .Своей активной и творческой работой выделялись преподаватели кафедры Ю.А. Мечиславский, А.Н. Шмелев, Р.Х. Шакирова, Л.С. Мусина. Более 20 лет в этот период трудились на кафедре старшие преподаватели Киржакова В.Б. и Талыпова Л.З. обладающие огромными знаниями и опытом по методике обучения биологии.
Хочется вспомнить также о важнейших помощниках наших преподавателей – лаборантах. Много лет работали на кафедре Кирюхина В.Л., Репина М.А., Смородинова Ф.Н., Гелимьянова З.М., Сабанцева А.Г., несколько лет работали лаборантами Анисимова Е.Н., Мальцева Г.Н., Иманова Э.А., Хорошавина Л.А. Долгие годы была старшим лаборантом Самойлова Т.С. Учебными мастерами работали Хахалкина В.М., Габбасов Р.Р.
С 2003 г. начинается новый этап в развитии кафедры ботаники. Решением Ученого Совета БирГПИ от 19 ноября 2003 г. она была переименована в кафедру биологии растений и методики преподавания биологии». С 2003 года руководство кафедрой биологии растений и методики преподавания биологии осуществляет кандидат биологических наук, доцент Н.Н. Минина.
На кафедре работали преподаватели, обладающие солидным багажом знаний: доценты, кандидаты наук Минина Н.Н., Рябова Т.Г., Черных И.В. Трапезников В.П., Шмелев Н.А. Яппарова Э.Н., Кириллова С.С., Полякова Л.Р., старший преподаватель Е.С. Пурина. Старшим лаборантом является Н.М. Выдрина и лаборант Т.А. Агафонова.